L'actuel président du Burkina Faso, Blaise Compaoré, aurait ordonné le meurtre de son prédécesseur Thomas Sankara en 1987, avec le consentement du chef de l'État ivoirien de l'époque, Felix Houphouet-Boigny, soutient Prince Johnston, ex-seigneur de guerre libérien qui, dans une interview à Radio France Internationale (Rfi), a affirmé que M Compaoré - vice-président à l'époque des faits - lui aurait donné l'ordre ainsi qu'à d'autres mercenaires dirigés par Charles Taylor de tuer Thomas Sankara en échange de l'autorisation de rester dans le pays.
"C’est Blaise Compaoré qui contrôlait tout - a confié l'ex-rebelle -, les casernes et la garde présidentielle, donc il était très facile de s’infiltrer (…) [Felix Houphouet-Boigny] voulait la chute de Sankara pour que nous puissions suivre notre formation et retourner au Liberia pour tuer Doe (président du Libéria au moment des faits, Ndlr)". . Pendant ce temps, un porte-parole du gouvernement burkinabé a démenti les accusations dirigées contre le président, les définissant des "affabulations". . Actuellement membre du sénat libérien, Prince Johnston avait avoué en août devant la Commission Vérité et Réconciliation avoir pris part à l'assassinat de Thomas Sankara sans néanmoins révéler le commanditaire du meurtre. . Accusé à plusieurs reprises d'avoir tué son ami Sankara, le président Compaoré a toujours démenti avoir joué un rôle quelconque dans le coup d'État du 15 octobre 1987 qui avait coûté la vie au président burkinabé de l'époque et à 12 autres officiers, avant de le faire accéder au pouvoir.